Ayvalık adı nereden geliyor adının nereden geldiğine ilişkin kesin bir kayıt yok. Fakat bu konuda farklı görüşler vardır. Ayvalık tarihi üzerine araştırmalarıyla bilinen Yunanlı yazar Yorgi Sakkari’nin “Ayvalık Tarihi” isimli kitabında, buraya gelenlerin Midilli Adasının Türkçe “Balçık” Rumca “Kidonie” isimli kasabasından geldikleri ve buranın isminin buradan esinlenerek “Kidonie” konulduğunu yazar.

Mübadele döneminde Ayvalık’tan ayrılan Kukunara’nın Eolya’nın Başkenti Ayvalık isimli kitabında ismin kaynağı olarak bir midye türü olan “Ayfada” (Ayvada) gösterilmektedir. Fransız tarihçi Raffanel’in “Ayvalık” adlı kitabında ise ismin, zamanında bölgede bol olan Ayva ağaçlarından geldiği yazmaktadır. Bu iddia bir türlü doğrulanamamış ve hep bir zamanlar var olan Ayva ağaçları olarak kalmıştır